В довоенный период линкор ничем особенным своё имя не прославил. Дважды, в 1927 г. и в 1933 г. на корабле во время военных манёвров держал свой флаг император Хирохито.
Период с декабря 1941 г. до битвы при Мидуей для линкора прошёл в манёврах и учебных стрельбах в водах Метрополии. При Мидуей входил в "Главные Силы" Ямамото и, двигаясь в 300 милях позади авианосцев Нагумо, противника так и не увидел. После возвращения к родным берегам последовало очередное двухмесячное бездействие.
В составе Второго флота вице-адмирала Кондо 11 августа 1942 г. Линкор ушёл на Трук, куда прибыл через неделю. Однако вклад корабля в борьбу за Гуадалканал нельзя назвать существенным. Участие "Mutsu" в сражении у Восточных Соломоновых островов было скорее формальным. До конца года корабль проторчал на Труке, а в январе нового 1943 г. Вернулся на родину.
По завершении недельного докования в Йокосуке "Mutsu" к 8 марта оказался на базе в Хасирадзиме (в Хиросимском заливе), куда теперь был приписан. Здесь на борт корабля взошёл 25-й и последний его командир - кэптен Миёси Терухико.
После отмены подготовки операции флота в районе Алеутов, "Mutsu" простаивал в Хасирадзиме, лишь дважды выбравшись в море для проведения учебных стрельб, да ещё прошёл очистку днища в Куре в самом конце мая. По выходу из дока линкор принял полный боекомплект, включая 16.1" зажигательные снаряды Типа 3 (sanshiki-dan), разработанные в качестве специального боеприпаса ПВО Противо-воздушная оборона. Значительные углы возвышения японских орудий ГК Главный калибр и отсутствие у японских зенитных снарядов радиовзрывателя породили идею использования крупнокалиберных орудий для борьбы с самолётами. Шрапнельный зажигательный боеприпас для главного калибра "Mutsu" имел массу 936 кг. Шрапнелью служили стальные трубки диаметром около 25 мм и длинной около 70 мм, заполненные зажигательной смесью из 45 % электрона (соединений магния), 40 % нитрата бария, 14.3 % каучука. При разрыве боеприпаса смесь воспламенялась и горела около 5 секунд с температурой пламени до 3000 °С.
В последний день весны корабль вернулся в Хасирадзиму. Линкор пришвартовался на флагманскую бочку между Хасирадзимой и островами Суо-Осима в двух милях к юго-западу от базы. В четырёх погребах "Mutsu" находилось 960 снарядов ГК Главный калибр, в том числе 200 sanshiki-dan.
Утром 8 июня на "Mutsu" для ознакомления с кораблём прибыли 113 кадетов и 40 инструкторов учебной авиагруппы ВМС Военно-морские силы Цутиура.
После завтрака палубная команда "Mutsu" начала подготовку к перемещению корабля для перешвартовки к бочке № 2. Поступила информация о прибытии к 13.00 (здесь и далее - время местное) в Хасирадзиму после докования из Куре флагмана 2 ДЛК линкора "Nagato" и его швартовочное место должно было быть освобождено.
С утра стоял густой туман, который к полудню так и не разошёлся, видимость составляла всего 500 метров. Тем не менее, на "Mutsu" приготовились дать ход.
В 12.13 вице-адмирал Симидзу Мицуми, командующий Первым Флотом (линейные силы) стоял на мостике приближающегося к Хасирадзиме линкора "Nagato", когда прямо по курсу на расстоянии нескольких миль он увидел ослепительную белую вспышку, пробившую пелену тумана. Полуминутой позже донёсся грохот взрыва. Пока на "Nagato" гадали о причине происшедшего, пришла шифртелеграмма с "Фусо". Кэптен Цуруока докладывал: ""Mutsu"" взорвался!".
Первыми на место трагедии подошли два катера с Fuso. Перед глазами очевидцев предстала ужасная картина. Силой взрыва "Mutsu" разломило пополам в районе грот-мачты. Носовая секция (длиной около 175 м) быстро легла на борт и ушла под воду на глубину около 40 метров. На поверхности осталась корма линкора (около 50 м), перевёрнутая вверх дном. Именно спасатели с "Фусо" приняли из воды большую часть оглушённых, растерянных моряков погибшего линкора. К проведению спасательных работ быстро подключились все находящиеся поблизости корабли. На место катастрофы прибыли шлюпки с крейсеров "Могами" и "Тацута", подошли эсминцы "Таманами" и "Вакацуки". Однако основная часть спасённых была выловлена из воды непосредственно сразу после начала поисков.
Результаты подсчёта жертв удручали. Из 1474 членов экипажа "Mutsu" в живых осталось 353 человека. В числе погибших оказались командир линкора кэптен Миёси и старший офицер кэптен Оно Коро (в соответствии с кадровой практикой японского флота оба посмертно произведены в контр-адмиралы). Старшим из спасшихся офицеров был штурман корабля Окихара Хидея. В довершение несчастья, из группы морских лётчиков, прибывших на борт корабля утром, удалось спасти только 13 человек. Эти потери были сопоставимы с результатами тяжёлого сражения, особенно в части касающейся лётного состава, недостаток в котором уже остро сказывался на возможностях японского флота вести боевые действия.
Вместе с началом спасательных работ в районе катастрофы была объявлена противолодочная тревога, так как первой версией случившегося была атака из-под воды. Однако интенсивные мероприятия по поиску вражеских субмарин, проводимые не только в акватории Внутреннего моря, но и в ведущих из него проливах Бунго и Кии Суидо, результатов не принесли.
Едва прогремел взрыв "Mutsu" линкор "Nagato" перешёл на противолодочный зигзаг и был подведён к швартовочному месту в трёх километрах от Fuso только в 14.30. На Fuso развернули штаб спасательных работ.
Все попытки предпринять что-либо для удержания на плаву кормы погибшего исполина окончились безрезультатно. Около 02.00 9 июня вторая секция "Mutsu" легла на дно практически рядом с первой в Хирасимском заливе в точке с координатами 33° 58' с.ш., 132° 24' в.д.
Немедленно были приведены в действе естественные для военного времени механизмы сокрытия факта гибели линкора. Для начала эсминец "Таканами" доставил в изолированный госпиталь в Мицукосиме всех 39 раненых из числа спасенных моряков (кстати, небольшое число раненых среди спасённых также указывает на большую силу взрыва и стремительную гибель корабля). Оставшихся в живых первоначально "приютил" "Фусо", затем они были переданы на "Нагато". К концу августа большая часть уцелевших при взрыве была направлена для продолжения службы в отдалённые гарнизоны на Тараву, Макин, Кваджелейн, Сайпан и Трук, где многие впоследствии погибли. Так, все 150 членов экипажа "Mutsu", попавших на Сайпан, были убиты в ходе американского штурма острова летом 1944 г.
К утру 9 июня на "Фусо" прибыли первые группы водолазов, которые пополнялись и оставались на месте катастрофы в течение нескольких месяцев. Им также не было конкретно сказано, какой именно корабль они осматривают, однако, в интересах работы, водолазов пришлось ознакомить с устройством и расположением помещений на стоявшем рядом "Nagato".
Хотя после первых же спусков водолазы сообщили, что линкор "согнут, подобно сломанному гвоздю", командование флота всерьёз изучало возможность подъёма и восстановления "Mutsu". Для компетентной оценки "на месте", 6 офицеров спускались на дно в минисубмарине, специально переоборудованной для этого случая из серийного двухместного образца. Единственное погружение едва не закончилось трагически: когда лодка поднялась на поверхность, её пассажиры почти задыхались. В конце июля было принято окончательное решение об отказе от идеи подъёма линкора. Из списков флота официально "Mutsu" был исключён 1 сентября 1943 г.
Параллельно подводным работам была создана и приступила к расследованию т.н. "Комиссия-М". Её возглавил 60-летний адмирал Сиодзава Коити из Военно-морской Канцелярии, бывший командующий Пятым Флотом. Комиссия скрупулёзно изучила все возможные версии трагедии, включая такую экзотику, как атака одиночного вражеского торпедоносца, карликовой или флотской субмарины противника. Расследование длилось два месяца. Его единственным объективным результатом явилась констатация гибели корабля в результате взрыва погреба башни ГК Главный калибр № 3. Но что послужило причиной взрыва?
В руководстве флотом склонялись к мнению, что произошло самовоспламенение 16.1" зажигательных снарядов. Несколькими годами ранее в арсенале в Сагами произошёл пожар, причиной которого официально было признано нарушение правил хранения зажигательных боеприпасов. Комиссией был допрошен коммандер Ясуи, изобретатель sanshiki-dan, проведены испытания 16.1" зажигательных снарядов, как поднятых со дна Хиросимского залива, так и из прежних и последующих, приготовленных для "Mutsu" партий. Отрабатывалась версия о самовозгорании зажигательного вещества от разогрева корпуса снаряда. Однако ни один из испытываемых sanshiki-dan не взорвался при температуре корпуса ниже 80оС. В результате Ясуи обвинения избежал, а в отчёте комиссии появилась туманная формулировка, что взрыв "наиболее вероятно был вызван человеческим вмешательством".
Отчёт комиссии не конкретизировал, что понимать под "человеческим вмешательством": злой умысел (саботаж, диверсию) или халатность. Однако дотошное расследование установило некоего артиллериста из расчёта башни ГК Главный калибр № 3, который накануне трагедии был обвинён в воровстве, а среди спасённых не обнаружился. Были предприняты целенаправленные поиски тела. Поскольку успехом они не увенчались (что не мудрено), недоказуемое подозрение в умышленном саботаже в отношении артиллериста осталось.
Судя по всему, осталось и подозрение в возможности атаки из-под воды. Осенью 1943 г. Немецкий военно-морской атташе в Токио адмирал Пауль Веннекер (бывший командир карманного линкора Deutschland) был подробнейшим образом расспрошен об обстоятельствах нападения британских карликовых субмарин на линкор Tirpitz в Каа-фьорде 22 сентября 1943 г. Последним доводом приверженцев версии уничтожения "Mutsu" в результате атаки подводной лодки, стала акция британских подводных диверсантов против КРТ Takao 31 июля 1945 г. в Сингапуре. Однако версию о гибели "Mutsu" от торпеды (мины) с подводной лодки отклонило время. Никто из союзников, как сейчас говорят, "не взял на себя ответственность за взрыв". А ведь подобная операция сделала бы честь любой диверсионной службе мира…
Лежащий всего на 40 метровой глубине остов линкора постоянно "дразнил" своей относительной доступностью. В июле 1944 г. Японцам удалось откачать с "Mutsu" 580 тонн ставшего дефицитом топлива, но подъём самого корабля до конца войны они так и не осилили. Первая попытка подъёма имела место в 1949 г., но закончилась неудачей.