Строительство "Thresher", стоимость которого составила 60 млн. долларов, длилось 38 месяцев. 3 августа 1961 г. лодка была передана ВМС Военно-морские силы США под командование капитан - лейтенанта Д. Харви. Американские судостроительные компании устанавливают гарантийный период эксплуатации в пределах 9-12 месяцев. Летом 1962 г. "Thresher" была поставлена на судоверфь Портсмута для устранения замеченных дефектов. За год плавания удалось выявить и устранить 875 неисправностей и недоделок, подавляющее большинство которых оказались незначительными и касались быта и удобства эксплуатации. Однако было обнаружено 130 дефектов в конструктивных решениях, пять из которых связаны с безопасностью корабля.

10 апреля 1963г., через двое суток после выхода с базы на глубоководные испытания в Атлантике лодка затонула с экипажем из 129 человек. Шок, который испытала, получив это известие, нация, сопоставим с тем, который вызвала гибель "Челенджера" много лет спустя.

К поискам затонувшей лодки приступили незамедлительно. На следующий день была создана следственная комиссия, в которую вошли опытные подводники и кораблестроители. В то время ВМС Военно-морские силы США не обладали поисковыми силами, обеспечивающими эффективные действия на глубине 2500 м, и операцию поручили океанографическому судну "Атлантис -2" и батискафу "Триест". В поисковых операциях учавствовало несколько десятков боевых кораблей ( в том числе и атомные подводные лодки ), а также другие суда и спец средства. Обнаруженные предметы, комплекты запчастей, куски трубопроводов с номерами лодки "Thresher" и фамилией рабочего, выполнившего монтаж, дали возможность достоверно опредилить место её гибели. Лодка затонула в точке с координатами 41 градус 43 минуты с. ш. и 64 градуса 57 минут з. д. Однако причины гибели, как и в большинстве случаев, когда речь идёт о катострофах на подводных лодках, с точностью установить не удалось. Комиссия, опубликовавшая свои заключения полтора года спустя, высказала следующие предположительные причины:

1. Акт саботажа или диверсия;

2. Поступление воды в прочный корпус из-за повреждения коммуникаций;

3. Разрушение прочного корпуса на глубине, близкой к предельной ( хотя в процессе эксплуатации за год "Thresher" сорок раз погружалась на предельную глубину );

4. Провал подводной лодки за предельную глубину из-за неправильных действий личного состава.

Моральную вину за катастрофу материалы комиссии возлагают на высших военных руководителей США. В условиях гонки вооружений качество оборудования отходило на второй план, предпочтение отдавалось увеличению боевой мощи. Кроме того, сдача подводной лодки в установленный срок поощрялась наградами, повышением по службе и премиями как конструкторам, так и ответственным работникам ВМС Военно-морские силы. Уже на следующий день после гибели лодки в адрес командования ВМС Военно-морские силы посыпались упрёки - перед выходом в море у многих членов экипажа были сомнения в подготовленности лодки к предстоящему плаванию.

20 июня 1963 года комиссия по расследованию выдает на суд общественности краткий отчет о проделанной работе. Он выглядит весьма общим, поскольку большинство данных считаются секретными. Естественно, никто точно так и не узнал, что же произошло на борту "Thresher", но на основании выявленных просчетов комиссии удалось выявить возможные последствия и загрузить полученные исходные данные для анализа в ЭВМ Электронно-вычислительная машина. За наиболее вероятную версию катастрофы компьютер принял следующую:

- утром 10 апреля «Трэшер» находился на максимальной тестовой глубине, то есть на глубине не менее 330 м. Лодка шла со скоростью 15 км/ч и вскоре сменила курс.

- В 9.09 в корпусе субмарины или в трубопроводной системе появилась пробоина примерно с ноготь величиной. В ту же минуту резко упала мощность насоса, поставляющего холодную воду для реактора. Командир Харвей приказал «продуть» цистерны и подниматься на поверхность.

- В 9.11 «продувка» внезапно прервалась, вероятно из-за короткого замыкания в электрической цепи, после чего появились сбои в системе сжатого воздуха, вызванные возможным оледенением.

- В 9.12 отключился реактор — короткое замыкание. Электрическому двигателю, который в аварийных случаях замещает реактор, требуется на «разгон» от 10 до 50 секунд. Естественно, в этот период неизбежно падает скорость судна, что и случилось с "Thresher".

- В 9.13 с лодки пришло последнее сообщение. Одновременно была проведена вторая попытка накачать цистерны сжатым воздухом, шум которого слышен снова 30 секунд спустя. В этот момент отказали практически все жизненно важные системы "Thresher".

- Компьютер заключает: «Гибель в 9.18».