Заложен на Новом Адмиралтействе в Санкт-Петербурге 20 мая 1895 года, спущен на воду 30 апреля 1896 года, вступил в строй в 1899 году.
4 августа 1899 г., окончив испытания и имея на борту около 320 т угля и запасы на летнюю кампанию, "Генерал-адмирал Апраксин" вышел из Кронштадта. В полдень следующего дня командир броненосца капитан 1 ранга В.В.Липдестрем благополучно привел его в Ревель в состав Учебного артиллерийского отряда. За время службы в отряде "Генерал-адмирал Апраксин" пять раз выходил на стрельбы со слушателями офицерского класса и учениками-комендорами, израсходовав 628 патронов для учебных 37-мм стволов, а также 9 254-мм и 40 120-мм снарядов. Стрельбы оказались довольно хлопотными для старшего артиллерийского офицера лейтенанта Ф.В. Римского-Корсакова: на пятый день в кормовой башне разорвало гильзу и приспособление для установки учебного ствола, а на шестой — вышло из строя горизонтальное наведение носовой башни. Эту неисправность в течение суток удалось устранить на частном заводе «Вигандт», восстановившем сломанные зубцы соединительной муфты перевода с ручного управления на электрическое.
14 августа 1899 года "Генерал-адмирал Апраксин" вышел в море для перехода в Копенгаген. Свежеющий северный ветер предвещал штормовое плавание. Новый корабль, по отзыву В.В. Линдестрема, показал «прекрасные мореходные качества»: при встречном волнении на бак залетали только брызги, а при попутном — размахи качки не превышали 10° на борт. Машина работала исправно, обеспечив среднюю скорость 11,12 уз при введенных в действие двух котлах. Утром 16 мая на горизонте показались низменные зеленые берега Дании, а в 14 часов"Генерал-адмирал Апраксин" уже стал на бочку в гавани Копенгагена, застав там яхту «Царевна», канонерскую лодку «Грозящий» и два датских корабля.
22 августа в датскую столицу прибыл на яхте «Штандарт» Николай II с семейством. Стоянка "Генерал-адмирал Апраксин" в столице дружественной державы ознаменовалась многочисленными приемами и визитами. Унтер-офицеров и матросов регулярно увольняли на берег. Офицеров "Генерал-адмирал Апраксин" король Дании по традиции «пожаловал» кавалерами ордена Даннеброга.
14 сентября, оставив императорские яхты крейсировать по европейским портам, броненосец покинул гостеприимное королевство и через два дня прибыл в Кронштадт. 21 сентября он окончил кампанию, но не разоружался, с тем чтобы после выполнения достроечных работ направиться в Либаву.
Вторник 12 ноября 1899 года, назначенный для выхода "Генерал-адмирал Апраксин" в море, начался туманом и постепенным усилением северо-восточного ветра. Рассеявшийся около 15 ч туман позволил штурману "Генерал-адмирал Апраксин" лейтенанту П.П. Дурново определить девиацию по створу кронштадтских огней, и командир В.В. Линдестрем принял решение следовать по плану. Наблюдая падение барометра. Владимир Владимирович рассчитывал укрыться в Ревеле, но туда еще надо было дойти.
К 20 ч ветер усилился до шести баллов, а вскоре достиг силы шторма, усугубленного отрицательной температурой воздуха и метелью. Броненосец, покрывавшийся слоем льда, шел вслепую — вне видимости островов и маяков. Механический и ручной лаги из-за замерзания воды и опасности посылки людей на ют не использовали, скорость определяли по оборотам машин.
В 20 ч 45 мин командир уменьшил ход с 9 до 5,5 уз, собираясь уточнить место путем измерений глубины моря. Не получив таким способом определенных результатов, В.В.Линдестрем и П.П.Дурново посчитали, что броненосец снесло к югу и собирались определиться по маяку Гогланда — самого крупного острова в центре Финского залива. На самом деле "Генерал-адмирал Апраксин" оказался значительно севернее, и в З ч. 30 мин 13 ноября на скорости около 3 уз выскочил на отмель у высокого заснеженного юго-восточного берега Гогланда.
Удар показался командиру мягким, а положение — не безнадежным. Однако попытка сняться с мели полным задним ходом потерпела неудачу, а через час в носовой кочегарке показалась вода, которая быстро прибывала. Корабль накренился до 10° палевый борт и на волнении сильно бился днищем о грунт. В.В. Линдестрем, думая о спасении людей, решил свезти команду на берег. Сообщение с последним, на котором собрались местные жители, установили с помощью двух спасательных лееров, поданных с фор-марса. К 15 ч переправу людей успешно завершили, прекратив перед этим поднятые уже после аварии пары в двух кормовых и во вспомогательном котлах.
Об аварии нового броненосца береговой обороны в Санкт-Петербурге узнали из телеграммы командира крейсера «Адмирал Нахимов», который на переходе из Кронштадта в Ревель заметил сигналы бедствия, подаваемые "Генерал-адмирал Апраксин". Управляющий Морским министерством вице-адмирал П.П.Тыртов немедленно распорядился направить к Гогланду из Кронштадта эскадренный броненосец Полтава, а из Либавы — броненосец "Адмирал Ушаков" , снабдив их пластырями и материалами для спасательных работ, руководителем которых назначался контр-адмирал Ф.И.Амосов, державший флаг на Полтава. Кроме боевых кораблей к спасению "Генерал-адмирал Апраксин" привлекли ледокол «Ермак», пароход «Могучий», два спасательных парохода частного Ревельского спасательного общества и водолазов кронштадтской школы морского ведомства. "Адмирал Ушаков" до Гогланда не дошел — вернулся в Либаву из-за поломки рулевого привода.
Утром 15 ноября к "Генерал-адмирал Апраксин" прибыл Ф.И. Амосов, который, не разделяя первоначального оптимизма В.В. Линдестрема («при немедленной помощи броненосец будет снят»), нашел положение «крайне опасным» и зависящим от погоды. Борьбу со льдами, к счастью, мог обеспечить «Ермак», а вот телеграф для поддержания связи с Санкт-Петербургом имелся только в Котке, что затрудняло оперативное руководство работами.
Организовать связь удалось с помощью выдающегося изобретения конца XIX века — радио. 10 декабря 1899 года вице-адмирал И.М. Диков и исполняющий обязанности главного инспектора минного дела контр-адмирал К.С. Остолецкий предложили связать Гогланд с материком с помощью «телеграфа без проводов», изобретенного А.С. Поповым. Управляющий министерством в тот же день наложил на доклад резолюцию: «Попробовать можно, согласен...». На место работ с комплектами радиостанций вскоре направились сам А.С.Попов, его помощник П.Н.Рыбкин, капитан 2 ранга Г.И. Залевский и лейтенант А.А. Реммерт.На Гогланде и на острове Кутсало у Котки начали сооружение мачт для установки антенн.
К этому времени выяснилось, что "Генерал-адмирал Апраксин", по меткому выражению Ф.И.Амосова, буквально «влез в груду каменьев». Вершина огромного камня и 8-тонный гранитный валун застряли в корпусе броненосца, образовав левее вертикального киля в районе 12—23 шпангоутов пробоину площадью около 27 м2. Через нее водой заполнялись носовой патронный погреб пушек Барановского, минный погреб, подбашенное отделение, крюйт-камера и бомбовый погреб 254-мм башни, весь носовой отсек до броневой палубы. Три других камня произвели меньшие по размерам разрушения днища. Всего корабль принял более 700 т воды, которую нельзя было откачать без заделки пробоин. Застрявшие в днище камни мешали сдвинуть "Генерал-адмирал Апраксин" с места.
Среди многочисленных предложений по спасению броненосца были весьма любопытные. Например, подложить под корпус «стальную доску» и одновременно с буксировкой приподнять его над камнем взрывами под доской зарядов взрывчатого вещества (подписано «Не моряк, а просто московский мещанин»), «Один из доброжелаюших броненосцу "Генерал-адмирал Апраксин" предлагал приподнять корпус над камнем с помощью огромного рычага из рельсов.
Впоследствии командир В.В. Линдестрем считал вполне реальным применение для ремонта корабля на месте аварии «ледяного дока», рассчитанного генерал-майором Жаринцевым. Последний предлагал заморозить воду вокруг броненосца до самого дна при помощи жидкой углекислоты, а потом прорубить траншею к носовой части для углубления места и «освобождения поверхности морского дна от камней». Однако спасатели пошли другим путем.
Все спасательные работы проводились под общим руководством и контролем самого управляющего министерством адмирала П.П.Тыртова, который привлек к этому важнейшему делу известных адмиралов И.М. Дикова, В.П. Верховского и С.О.Макарова, главных инспекторов МТК Морской технический комитет Н.Е. Кутейникова, А.С. Кроткова, Н.Г. Нозикова. Непосредственное участие в спасательных работах под руководством Ф.И.Амосова приняли командир броненосца В.В. Линдестрем, младшие помощники судостроителя П.П. Белянкин и Е.С. Политовский, представитель Ревельского спасательного общества фон Франкен и указатель Нового Адмиралтейства Олимпиев, хорошо знавший корабль. Водолазами, работавшими в ледяной воде, руководили лейтенанты М.Ф.Шульц и А.К.Небольсин. Было решено удалить верхнюю часть большого камня с помощью взрывов, разгрузить броненосец, имевший к моменту аварии водоизмещение 4515 т, по возможности заделать пробоину, откачать воду и, используя понтоны, стащить броненосец с мели.
Попытки стащить "Генерал-адмирал Апраксин" с мели предпринимались дважды: 28 ноября (ледокол «Ермак» при полном заднем ходе) и 9 декабря (на помощь «Ермаку» пришли пароходы «Метеор» и «Гелиос»). После тщательного обследования корпуса и большого камня водолазами стало ясно, что эти попытки были заранее обречены на провал.
Затянувшаяся до ледостава борьба с камнями при неудаче попыток сдвинуть "Генерал-адмирал Апраксин" с места буксирами привела П.П.Тыртова к решению отложить его снятие с мели до весны будущего года. Ф.И.Амосова с Полтава и большинством экипажа аварийного корабля отозвали в Кронштадт. Для обеспечения работ были оставлены 36 матросов с боцманом Иваном Сафоновым. Опасности разрушения "Генерал-адмирал Апраксин" нагромождением льдов удалось избежать с помощью «Ермака» и укрепления ледяных полей вокруг броненосца.
25 января 1900 года председатель МТК Морской технический комитет вице-адмирал И.М. Диков прочел срочную телеграмму из Котки: «Получена Гогланда телеграмма без проводов телефоном камень передний удален». Доложив ее П.П.Тыртову, Иван Михайлович получил указание сообщить содержание в редакции «Нового времени» и «Правительственного вестника»: это была первая в истории радиограмма, переданная на расстояние более 40 верст.
В конце января 1900 года руководителем спасательных работ на Гогланде назначили командующего Учебным артиллерийским отрядом контр-адмирала З.П.Рожественского. Зиновий Петрович привлек к участию в спасении броненосца «Бюро для исследования почвы», принадлежавшее горному инженеру Воиславу. Бюро прислало на "Генерал-адмирал Апраксин" техников с двумя станками, оснащенными алмазными бурами для высверливания шурфов в гранитных камнях. Взрыв динамита в шурфах оказывался безвредным для корабля. По окончании работ Воислав даже отказался от вознаграждения. Морское министерство, выразив ему признательность за бескорыстие, выплатило 1197 руб. в виде компенсации за поломки оборудования и содержание техников.
К началу апреля 1900 года в условиях сравнительно суровой зимы удалось расправиться с камнями, временно заделать часть пробоин и разгрузить броненосец примерно на 500 т. 8 апреля «Ермак» предпринял неудачную попытку оттащить корабль на 2 сажени — длину созданной в сплошном льду майны. Через три дня попытку повторили, затопив кормовые отделения "Генерал-адмирал Апраксин" и помогая «Ермаку» паровыми и береговыми ручными шпилями. Броненосец, наконец, тронулся с места и к вечеру, с введенными в действие собственными машинами, отошел на 12 м назад от каменной гряды.
13 апреля по проложенному «Ермаком» каналу он перешел в гавань у Гогланда, а 22 апреля благополучно ошвартовался в Аспэ у Котки. В корпусе броненосца оставалось до 300 т воды, которую непрерывно откачивали насосами. При наличии всего 120 т угля и отсутствии артиллерии (кроме башенных пушек), боезапаса, провизии и большей части предметов снабжения осадка носом и кормой составляла по 5,9 м.
6 мая "Генерал-адмирал Апраксин" в сопровождении крейсера «Азия» и двух спасательных пароходов Ревельского общества прибыл в Кронштадт, где вскоре был поставлен на ремонт в Константиновском доке, и 15 мая окончил затянувшуюся кампанию. П.П.Тыртов поздравил В.В. Линдестрема с окончанием многотрудной эпопеи и благодарил всех участников работ, особенно З.П.Рожественского.
Ремонт повреждений броненосца средствами Кронштадтского порта, завершенный в 1901 году, обошелся казне более чем в 175 тыс. руб., не считая стоимости спасательных работ.
Авария "Генерал-адмирал Апраксин" показала слабость спасательных средств морского ведомства, вынужденного прибегать к импровизации и привлечению иных государственных и частных организаций. Оценивая их вклад в спасение корабля, З.П.Рожественский указывал, что без «Ермака» броненосец был бы в бедственном состоянии 1 без помощи Ревельского спасательного общества затонул бы еще в ноябре 1899 года. В сложных зимних условиях многое решили самоотверженность в работе и предприимчивость, свойственные россиянам в экстремальных ситуациях.
Комиссия для расследования обстоятельств аварии не нашла состава преступления в действиях командира и штурманского офицера броненосца. Бывший штурман "Генерал-адмирал Апраксин" П.П. Дурново блестяще реабилитировал себя в Цусимcкий пролив, проведя подбитый эсминец «Бравый» во Владивосток. Опыт зимы 1899/ 1900 года побудил капитана 1 ранга В.В. Линдестрема выступить в «Морском сборнике» с критикой обеспечения непотопляемости своего корабля. В написанной им статье «Авария броненосца "Генерал-адмирал Апраксин"» он указывал на слабость днища и переборок, водопроницаемость переборочных дверей, отмечал сложность и неудобство установки водоотливных средств, распространение воды через систему вентиляции и уплотнения труб и кабелей в переборках.
Статья попала на отзыв в кораблестроительное отделение МТК Морской технический комитет, которое под руководством Н.Е. Кутейникова весьма обстоятельно обосновало невозможность ее публикации. В отзыве, подписанном И.М. Диковым, преобладающей явилась мысль о защите «чести мундира» самого комитета и морского ведомства в целом. Называя "Генерал-адмирал Апраксин" «типом, в конструктивном отношении до известной степени устарелым», кораблестроители МТК Морской технический комитет посчитали, что В.В. Линдестрем очертил его недостатки в обобщенном виде, а это могло создать в обществе «ложные представления о современном судостроении». Утверждалось, что почти все недочеты за последние два года были устранены постановлениями комитета, а конкретный вопрос об «Апраксине» будет обсуждаться в МТК Морской технический комитет по соответствующему официальному докладу С.О. Макарова, приложившего к нему и дубликат статьи.
На основании отзыва МТК Морской технический комитет П.П.Тыртов запретил публикацию: официальный печатный орган министерства не мог давать повода для нападок «на порядки, существующие на флоте». К сожалению, эти порядки стали объектом нападок печати с большим опозданием, когда флот уже рассчитался за них в Цусимском проливе.
Кампании 1902—1904 годов "Генерал-адмирал Апраксин" провел в Учебном артиллерийском отряде. В этот период экипаж его составляли до 185 человек кадровой команды и до 200 учеников комендоров, то есть переменный состав обучаемых. В 1902 году броненосец участвовал в известных показательных маневрах отряда в присутствии двух императоров на ревельском рейде, а в начале зимы того же года безуспешно пытался форсировать льды Финского залива и получил повреждения корпуса. Вообще, по мнению последнего командира броненосца капитана 1 ранга Н.Г. Лишина. назначенного 6 апреля 1903 года, корпус "Генерал-адмирал Апраксин", вследствие аварии 1899 года и ледового плавания 1902 года, был сильно «расшатан» и даже негерметичен в носовой части и по всей верхней палубе.
В ноябре 1904 года все корабли типа "Адмирал Сенявин" были назначен в состав Отдельного отряда судов будущей 3-й Тихоокеанской эскадры для немедленного следования на Дальний Восток — на усиление 2-й эскадры.
Броненосец начал кампанию 22 декабря 1904 года. Во время подготовки к походу на нем были установлены станция беспроволочного телеграфирования системы «Сляби-Арко», два дальномера Барра и Струда (на фор-марсе и на кормовом мостике), оптические прицелы Перепелкина к 254-мм и 120-мм орудиям, два из последних были заменены на новые из-за большого «расстрела». Для 254-мм орудий на корабль были отпущены 60 бронебойных, 149 фугасных и 22 сегментных снаряда, но в погребах смогли поместить только 200 из них, а остальные пришлось погрузить на транспорты. На последних также находились дополнительные 100 фугасных 254-мм снарядов для всех трех однотипных броненосцев. Боезапас 120-мм орудий составили 840 патронов (200 — с бронебойными, 480 — с фугасными и 160 — с сегментными снарядами), 47-мм орудий — 8180 патронов, 37-мм орудий — 1620 патронов, а для 64-мм десантных пушек приняли 720 шрапнелей и 720 гранат. На транспорты были погружены и дополнительные патроны с 180 бронебойными и 564 фугасными снарядами калибра 120 мм и 8830 патронов для 47-мм орудий. На просьбы командира Н.Г. Лишина о замене верхней палубы командир либавского порта Императора Александра III контр-адмирал А.И. Ирецкой ответил фразой «Вам бы все отстаиваться», за которой последовали нецензурные выражения.
2 февраля 1905 года "Генерал-адмирал Апраксин" в составе Отдельного отряда контр-адмирала Н.И.Небогатова вышел из Либавы на Дальний Восток.
В дневном бою 14 мая 1905 года — первой фазе Цусимcкий пролив — "Генерал-адмирал Апраксин" доблестно сражался с японцами. В составе его экипажа состояли 16 офицеров и инженеров-механиков, 1 врач, 1 священник, 8 кондукторов и 378 нижних чинов (1 матрос умер на переходе в Красном море).
В начале боя старший артиллерийский офицер броненосца лейтенант барон Г.Н. Таубе сосредоточил огонь по японскому флагманскому броненосцу «Микаса», но через 30 мин перенес его на более близкий броненосный крейсер «Ниссин». Носовой башней командовал лейтенант П.О. Шишко, кормовой — лейтенант С.Л. Трухачев.
Через 40 мин после начала боя остававшийся пока невредимым "Генерал-адмирал Апраксин" проходил в четырех кабельтовых от гибнущего броненосца Oslabia. Гибель Oslabia и выход из строя флагманского корабля эскадры Suvorov , на котором бушевали пожары, произвели тяжелое впечатление на команду "Генерал-адмирал Апраксин", вступившую в бой в «бодром настроении». Старший судовой механик штабс-капитан П.Н.Милешкин вскоре после потопления японцами Oslabia не выдержал и «принял алкоголя», за что был отстранен командиром Н.Г. Лишиным. До полуночи с 14 на 15 мая, когда командир восстановил старшего судового механика в правах, его обязанности исполнял поручик Н.Н.Розанов.
Впрочем, экипаж "Генерал-адмирал Апраксин" до самого вечера отважно сражался с японцами. Броненосец выпустил до 132 254-мм снарядов (вместе с выпущенными в ночь с 14 на 15 мая по миноносцам — до 153 снарядов) и до 460 120-мм снарядов. Роль "Генерал-адмирал Апраксин" и других броненосцев 3-го отряда отчетливо проявилась около 17 ч, когда они нанесли повреждения японским бронепалубным крейсерам и заставили последние отступить, прекратив обстрел скучившихся транспортов, крейсеров и миноносцев российской эскадры. В это же время "Генерал-адмирал Апраксин" и сам получил повреждения. 203-мм снаряд с крейсеров эскадры вице-адмирала Х. Камимуры поразил кормовую башню у амбразуры 254-мм орудия, разрыв снаряда приподнял крышу и затруднил вращение башни, хотя и не пробил броню. Осколки снаряда сразили наповал комендора Сонского, ранили несколько комендоров, а командир башни лейтенант С.Л. Трухачев был контужен, но остался на посту. 120-мм снаряд попал в кают-компанию и смертельно ранил минера Жука, который вскоре скончался. Еще одним снарядом неизвестного калибра был снесен гафель, осколки других вывели из строя сеть (антенну) беспроволочного телеграфа.
Имея сравнительно небольшие повреждения и потери в людях (двое погибших, десять раненых), "Генерал-адмирал Апраксин", не включая боевого освещения, в ночь на 15 мая энергично отражал минные атаки и не отставал от Imperator Nicolai I , флагманского корабля отряда, следовавшего во Владивосток ходом не менее 12—13 уз.
Однако утром 15 мая отряд Н.И.Небогатова был окружен превосходящими силами противника. «Ну что ж. Влопались... умрем», — произнес Н.Г.Лишин на мостике "Генерал-адмирал Апраксин". Офицеры и команда броненосца, действительно, были готовы сражаться до последнего и умереть. Комендор Петелкин, «соблазнившись удачной наводкой», даже произвел пристрелочный выстрел из 120-мм пушки, но нового боя не произошло — адмирал Небогатое, как известно, сдался противнику. Его примеру (по сигналу) последовал и командир "Генерал-адмирал Апраксин" Н.Г. Лишин (известно, что по приказанию лейтенанта Таубе комендоры выбрасывали за борт замки мелких орудий и прицелы).
Так корабль, носивший имя сподвижника Петра Великого и первого генерал-адмирала российского флота, попал в руки противника. Японцы назвали его «Окиносима» и даже использовали в операции по захвату острова Сахалин. В 1906—1915 годах «Окиносима» был учебным кораблем, в 1915—1926 годах - блокшивом, а в 1926 году его отправили на слом.
За сдачу броненосца противнику Н.Г. Лишин ещё до возвращения из плена был лишен чина капитана 1 ранга, а потом и осужден. Приговор суда — смертная казнь — был изменен Николаем II на 10 лет заключения в крепости. К двум месяцам заключения в крепости суд приговорил и старшего офицера лейтенанта Н.М. Фридовского, который не смог предотвратить «преступных намерений» своего командира.