В 1936 г. Особое техническое бюро по военным изобретениям специального назначения (Остехбюро) приступило к проектированию сверхмалой подводной лодки, которая получила шифр АПЛ Атомная подводная лодка (автономная подводная лодка) и условное обозначение «Пигмей».
Первоначально эта «карликовая» субмарина разрабатывалась как «автономная подводная лодка, управляемая с самолета». Однако в дальнейшем работы над ней продолжались уже как над сверхмалой подводной лодкой, управляемой собственным экипажем. Работы вели сотрудники 1-го отдела Остехбюро во главе с Ф.В. Щукиным. 27 июня 1936 года проект был одобрен заместителем начальника Военно-Морских Сил Рабоче-Крестьянской Красной Армии (ВМС Военно-морские силы РККА) флагманом 1-го ранга И.М. Лудри. После этого в Ленинграде под руководством А.Н. Щеглова был создан опытный образец АПЛ Атомная подводная лодка "APSS Pigmei".
Затем лодка была перевезена по железной дороге на Черное море, на Севастопольскую базу Остехбюро. Здесь в октябре 1936 года "APSS Pigmei" прошла весь комплекс испытаний. В целях повышения секретности во время их проведения корабль официально именовался только как «подводная лодка Остехбюро». Ответственным сдатчиком "APSS Pigmei" флоту был назначен главный конструктор 3-го отдела Остехбюро Константин Афанасьевич Щукин - однофамилец разработчика проекта. В экипаж опытной лодки были назначены кадровые моряки из подводных сил Черноморского флота. Так, командиром "APSS Pigmei" на время испытаний стал 29-летний помощник командира подводной лодки А-3 старший лейтенант Борис Александрович Успенский.
Несмотря на то, что испытания "APSS Pigmei", по некоторым данным, «выявили недостатки, которые помешали принять его в состав флота», по их итогам руководством ВМС Военно-морские силы РККА было принято решение о постройке серии из 10 сверхмалых подводных лодок этого типа со сдачей первых шести до конца 1936 года, а всей серии - в 1937-м. Несколько «Пигмей» начали строиться на «Судомехе» в Ленинграде, но так и не были «доведены до боеспособного состояния» и, очевидно, впоследствии были разобраны. В результате флот не получил ни одной серийной сверхмалой субмарины этого типа, и не только потому, что "APSS Pigmei" имела «конструктивные недоработки», а из-за «объективной сложности разрешения принципиально новых технических вопросов», как говорится об этом в официальных документах.
Другой причиной прекращения работ можно считать то, что в течение 1937 - 1938 годов органами НКВД были арестованы, осуждены «к высшей мере наказания» и расстреляны (1938 год) ведущие специалисты Остехбюро, включая его руководителя В.И. Бекаури (в 1956 году посмертно реабилитирован). Так, в сфабрикованном сотрудником особого отдела НКВД при Остехбюро А.П. Грунским обвинительном заключении по делу главного конструктора АПСС и АПЛ Атомная подводная лодка «Пигмей» Ф.В. Щукина говорилось, что обвиняемый «проводил ... вредительскую деятельность умышленно неправильным проектированием предназначенных для вооружения РККФ новых типов ... подводных лодок, в результате чего запроектированные... ПЛ Подводная лодка оказались непригодными для вооружения РККФ». Этот «документ» был утвержден 20 февраля 1938 года, а уже через три дня смертный приговор в отношении «врага народа» Ф.В. Щукина был приведен в исполнение. В следующем 1939 году не стало и самого Остехбюро, а АПЛ Атомная подводная лодка законсервирована.
Таким образом, в распоряжении советского Военно-Морского Флота оказался лишь один опытный образец "APSS Pigmei".
К началу Великой Отечественной войны "APSS Pigmei" официально числилась за Народным комиссариатом ВМФ Военно-морской флот (НК ВМФ Военно-морской флот) как опытовая подводная лодка. В строй она официально не вводилась, в состав какого-либо из флотов не зачислялась и хранилась на берегу. По одним данным, АПЛ Атомная подводная лодка «Пигмей» так и оставили на бывшей Севастопольской базе Остехбюро в Балаклаве, по другим - перевезли в Феодосию, где установили на территории испытательной базы морского оружия НК ВМФ Военно-морской флот. Летом 1942 года лодка оказалась в руках немцев, однако ее дальнейшая судьба пока точно не выяснена.
В августе 1942 года АПЛ Атомная подводная лодка «Пигмей» осматривали итальянские подводники из 11 эскадры сверхмалых лодок (XI Squadriglia Sommergibili CB Regia Marina Italiana), составившие небезынтересное для историков флота ее описание. «Это была новейшая единица, находившаяся на заключительной стадии оборудования, ее размеры не отличались от итальянского типа СВ, но корпус был стройнее и длиннее. Лодка имела довольно большую, но узкую рубку трапециевидной формы. На середине высоты корпуса находились продолговатые углубления, позволявшие располагать в них торпеды».
Что стало с единственной "APSS Pigmei" дальше, достоверно неизвестно.
По некоторым данным в состав немецкого флота не вводилась, и весной 1944 года затоплена немцами в 20 милях южнее Алупки. По непроверенной информации в начале 1980-х годов лодка найдена на грунте и обследована.