Первой в мире межконтинентальной ракетой морского базирования стала БР Баллистическая ракета Р-29 (РСМ-40). Её разработка началась в КБ В.Макеева по постановлению Совета Министров № 808-333 от 22 сентября 1964 года. Поскольку дальность полёта новой ракеты составляла около 8000 км, отпадала необходимость патрулирования РПКСН Ракетный подводный крейсер стратегического назначения непосредственно у берегов вероятного противника, в эффективной зоне действия его противолодочной обороны. Предусматривалась возможность и надводного старта, теоретически пуск ракет мог производиться прямо от пирса, без выхода лодки в море.
Первый этап испытаний комплекса проходил с плавучего стенда на Черноморской опытной базе ВМФ Военно-морской флот. Было произведено 7 пусков, 6 из них удачные. Затем испытания были перенесены на Государственный центральный морской полигон для отработки ракет пусками с наземного стенда. Во время одного из пусков произошел взрыв ракеты, испытания пришлось прервать для востановления шахты и пусковой установки. Всего за период с марта 1969 по по ноябрь 1971 года было произведено 20 пусков с наземного стенда.
По результатам испытаний, на основании постановления Совета Министров № 177-67, 12 марта 1974 года ракетный комплекс Д-9 был принят на вооружение . Ракетами предполагалось вооружить ПЛ Подводная лодка проекта Delta I. До 1977 г. было построено 18 ПЛАРБ Атомная подводная лодка с баллистическими ракетами проекта Delta I. В дальнейшем комплекс Д-9, с целью увеличения дальности стрельбы был модернизирован. В 1978 году был создан комплекс Д-9Д с ракетами Р-29Д . Дальность стрельбы составляла 9100 км. Этот комплекс был установлен на части ПЛ Подводная лодка проектов Delta I и Delta II.
Среди множества проблем, которые возникли при разработке комплекса Д-9, наиболее сложными были: достижение приемлемых габаритов ракеты при существенном росте тактико-технических характеристик, создание принципиально новых малогабаритных пусковых установок и качественно новых двигательных установок, достижение существенного прогресса в боевых блоках, бортовых и корабельных системах управления, автоматизация обслуживания, подготовки старта и залповой стрельбы боекомплекта ракет, реализация заводской заправки ракет топливом с ампулизацией баков, эксплуатация на флотах заправленных ракет, обеспечение всепогодности боевого применения и готовности к применению в любое время в любой точке Мирового океана и др.
Основным решением, кардинально сократившим габариты ракеты, было введение "утопленной схемы" двигательной установки - расположение двигателей в баках горючего или окислителя. Оно привело к сокращению габаритов ракеты, ликвидации на ракете сухих отсеков для размещения двигательных установок, были созданы двигатели нового класса: без какого-либо обслуживания после изготовления, без каких-либо разъемных соединений и вместе с тем имеющие новый более высокий уровень энергомассовых характеристик. Значительный выигрыш дали решения по цельносварным корпусам многоступенчатых ракет, по размещению рулевых приводов в компоненте топлива, использованию "вафельных" оболочек, созданию неразъемных переходников от стальных элементов двигателя к алюминиевому корпусу ракеты, а также решения вопросов качания камер сгорания, расположенных в компоненте топлива. Разделение ступений ракеты осуществлялось разрывом корпуса удлинённым детонирующим зарядом.
Верхнее днище бака имело конусовидное углубление, в котором размещалась боеголовка с зарядом мощностью 1 Мт. ЯБЧ была как бы перевернута по отношению к направлению полёта. В качестве меры противодействия системам противоракетной обороны в днище бака второй ступени, в специальных цилиндрах находились ложные цели, имевшие эффективную поверхность рассеивания (ЭПР) сопоставимую с ЭПР БЧ Боевая часть. Данное решение на БР Баллистическая ракета морского базирования применялось впервые. Выпуск ложных целей происходил в момент отделения головной части.
При разработке принципиально нового корпуса малогабаритной ракеты, выдерживающего повышенные перегрузки и избыточное наружное давление, были созданы предпосылки для проектирования новых ракетно-стартовых систем при совместной компоновке ракеты и пусковой установки.
В основу конструкции пусковой установки были положены принципиально новые решения:
вместо жесткого крепления ракеты относительно пусковой шахты она свободно подвешивалась в шахте на упругих связях с нелинейными силовыми характеристиками, при этом допускались колебания относительно шахты при эксплуатации;
вместо передачи на ракету нагрузок в виде точечных сил через специальные устройства было предложено распределить эти силы по нескольким кольцевым зонам, расположенным на разных уровнях по длине ракеты, с использованием резинометаллических амортизаторов;
вместо направления движения ракеты при погрузке и старте с помощью пары бугель-направляющих стали использовать для этих целей либо внутреннюю стенку шахты, либо непосредственно оболочку ракеты.
Суммарный эффект был весьма высоким. Кольцевой зазор и масса пусковой системы уменьшились на порядок, а ракета соответственно увеличилась почти до размеров самой пусковой шахты; огромные цистерны кольцевого зазора уменьшились во много раз, а заполнение кольцевого зазора перестало лимитировать время предстартовой подготовки, в результате чего сократились послестартовый разбаланс подводной лодки и его влияние на скорострельность.
Принципиальным для морских ракетных комплексов явились обеспечение высокой точности стрельбы и подготовка полетного задания при стрельбе по любому направлению, в любое время, из любой точки океана в пределах досягаемости ракет. Особенность этой задачи - специфические требования к системам управления для морских комплексов: старт ракеты с подвижного основания с ненулевыми начальными условиями при весьма неблагоприятных динамических характеристиках ракеты как объекта управления. При этом комплекс должен обладать свойствами всепогодности и инвариантности к месту старта, а также, в определенных пределах, к точности знания азимутального направления. Аппаратура управления должна также обеспечивать практически автоматическое проведение регламентных проверок, предстартовой подготовки и старта всех ракет, предназначенных к пуску (до полного боекомплекта лодки).
В 60-е годы попытки решения возложенных на систему управления функций и задач с помощью аналоговой аппаратуры, а также уровень развития навигационного обеспечения подводных лодок не оставляли никаких надежд на успешное их осуществление и реализацию приемлемой точности стрельбы для ракет средней, а тем более межконтинентальной дальностей стрельбы. Выход был найден. Это разработка и применение на борту ракеты Р-29 прецизионных гироскопических устройств, работающих в вакууме, а также системы астрокоррекции, переход от аналоговых к цифроаналоговым и затем полностью к цифровым системам с применением высокопроизводительных малогабаритных бортовых цифровых вычислительных комплексов и корабельных цифровых вычислительных систем со специальным математическим обеспечением. Внедрение коррекции траектории по внешним ориентирам стало этапным и приоритетным для боевых ракет решением.
В итоге предстартовая подготовка и залповая стрельба боекомплектом ракет стали осуществляться централизованно: одним оператором с пульта управления ракетным оружием, единым автоматизированным комплексом систем управления, включающим саму систему управления, корабельную цифровую вычислительную систему, систему прицеливания и аппаратуру управления корабельными системами повседневного и предстартового обслуживания. Старт происходил с глубины до 55 метров.
Помимо роста эффективности и боевых возможностей ракеты Р-29, другое важное достижение - скачок в эксплуатационных качествах жидкостных ракет. Среди множества технических решений, обеспечивающих этот скачок, главным является заводская заправка ракеты топливом, завершающаяся ампулизацией баков путем заварки заправочных клапанов. Она обеспечила существенный рост гарантийных сроков эксплуатации и обусловила экологическое совершенство морских ракет, поскольку исключила заправочные работы на флотах и возможные при этом проливы компонентов.